Karatenin Azərbaycanda inkişafının yeni mərhələsi dövründə 1991-ci ildə Azərbaycan Karate-do Federasiyası yarandı. Sonradan müxtəlif növlər (istiqamətlər) üzrə karate federasiyalarının (Şotokan, Qocyu-Ryu, Kosiki karate, Kyokuşin Kay, Fudokan Karate və.s) yaranması ilə əlaqədar bu federasiyaların fəaliyyətinin genişləndirilməsi və karatenin populyarlığın artırılması və daha inkişafına nail olunması məqsədilə 1997-ci ildə Azərbaycan karate federasiyaları Assosiasiyası təsis edildi və Ülvi Quliyev prezident, Füzuli Musayev vitse-prezident vəzifələrinə seçildilər. AKFA-nın yarandığı dövrdən Azərbaycan idmançılarının beynəlxalq miqyaslı müxtəlif yarışlarda bir sıra nəaliyyətləri olmuş və Assosiasiya səmərəli fəaliyyət göstərmişdir.
Son illər ölkə rəhbərliyinin idman sahəsində islahatların aparılması sahəsində tövsiyyələrindən irəli gələrək Azərbaycan Gənclər və İdman Nazirliyinin təşəbbüsü və təklifi ilə karate idman növünün daha da inkişafı, pərakəndəliyin aradan qaldırılması və ölkəmizdə fəaliyyət göstərən karate federasiyalarının vahid təşkilatda birləşməsi məqsədilə 2023-cü ilin Fevral ayında ümumi yığıncaq keçirilərək, Azərbaycan karate federasiyaları Assosiasiyası fəaliyyətini bərpa etdi.
Ümumi yığıncaq Ülvi Zahid oğlu Quliyevi yenidən AKFA-nın prezidenti, Füzuli Musayev, Fərid Əsgərov, Rəhman Hətəmov və Allahverdi Rüstəmov vitse-prezidentlər, və üzvləri Şotokan federasiyasının prezidenti Elçin Mehdizadə Milli karate federasiyasının prezidenti Yaşar Bəşirov, Aşihara Kenkokan karate federasiyasının prezidenti Maarif Bağırov, Koşiki-karate federasiyasının prezidenti Rəfail Bünyatov idarə heyətinə seçilmişlər.
İdarə heyəti tərəfindən işçi qurumlar (Komitələr, komissiya və xidmət sahələri) yaradılaraq onların rəhbərləri təyin edilmişdir. Belə ki, Qabil Sayadov – baş katib, Həmdiyyə Məmmədov Hüquq və intizam Komitəsinə, Əhməd Əfəndi “Texniki və məqşçilər komitəsinə” Oktay Məmmədov Hakimlər komitəsinə sədr, Anar Allahverdiyev məsul katib, Mehman Rəsulov “Media və ictimaiyyətlə əlaqələr üzrə katib ” təyin edilmişlər.
AKFA- sonradan beynəlxalq təsisatlara uyğunluğu məqsədilə adı dəyişdirilərəkm Azərbaycan Karate federasiyası kimi Azərbaycan Gənclər və İdman Nazirliyi Kolleqiyası tərəfindən müvafiq qərarı təsdiq edilən, akkreditayasiyadan keçirilərək status almış və karate üzrə yeganə tanınan federasiyadır.
Yüksək nailiyyətləri olmuş və tanınmış idmançılardan ibarət olan federasiya rəhbərliyi və peşəkar mütəxəssislərdən ibarət icra strukturları səfərbər olaraq nizamnamə müddəalarından irəli gələn fəaliyyət sahələrində müvəffəqiyyətlə çalışırlar.
27 iyul 2023-cü il tarixində AKFA adı dəyişdirilirək, Azərbaycan Karate Federasiyası adı ilə Ədliyyyə Nazirliyində dövlət qeydiyyatına alınmışdır.